1985年5月，学校成立总务处（下设三个科）；2001年，撤销总务处，成立后勤办公室，代表学校监督后勤服务公司等五个实体单位的运行，实行“小机关、多实体”；2003年，撤销后勤办公室成立后勤处；2005年11月，合并有关后勤实体成立后勤集团，实行甲乙方管理；2013年，后勤处与后勤集团合并成立后勤管理处，下设三个科、八个实体单位（房产管理办公室（副处级）挂靠后勤管理处，2018年校医院挂靠后勤管理处）。2022年5月，根据《烟台大学部门单位主要职责、内设机构和人员编制设置方案》，现设9个科级机构：综合科、工程管理科、质量管理科、饮食服务中心、校园物业服务中心、家属区管理服务中心、能源管理服务中心、外事服务中心、幼儿园。另有1个内设单位：专家公寓。